Number of the records: 1
Genomická a transkriptomická charakteristika alergénu Mal d 1
Title Genomická a transkriptomická charakteristika alergénu Mal d 1 = [Genomic and Transcriptomic Characteristic of Mal D 1 Allergen] / Lucia Urbanová ; vedúci záverečnej práce Jana Žiarovská Author-s Urbanová, Lucia, ; SPUPRA15 (Author)
Žiarovská, Jana, ; SPUFAP31 (Thesis advisor)Corporation Slovenská poľnohospodárska univerzita (Nitra, Slovensko). Fakulta agrobiológie a potravinových zdrojov. Katedra genetiky a šľachtenia rastlín Published 2021 Description 128 s. : ilustr., príl., tab. ; 30 cm Notes V práci uvedený projekt - Dopytovo-orientovaný výskum pre udržateľné a inovatívne potraviny, Drive4SIFood 313011V336. súbežný názov prevzatý z databázy uis SPU . Bibliografia s. 100-111 . Resumé anglicky, slovensky . Doktorandská dizertačná práca (PhD.). - Katedra genetiky a šľachtenia rastlín FAPZ SPU v Nitre Subject-s jabloň domáca jablká ovocie odrody alergény gény génová expresia alergie na potraviny analýza potravín dizertácie Annotation Autorský abstrakt: Prevalencia ochorení dýchacieho a imuniného systému každým rokom stúpa, s čím úzko súvisia aj alergie. Alergia na peľ brezy je v rámci strednej až severnej Európy indukovaná prevažne hlavným alergénom Bet v 1 a zástupcom skupiny PR-10 proteínov. Vysoká štruktúrna zhoda s ostatnými alergénmi PR-10 skupiny spôsobuje krížové reakcie pri pacientoch s hypersenzitívnym imunitným systémom, vďaka čomu títo pacienti môžu počas celého života získavať rôzne potravinové alergie. V predloženej dizertačnej práci je porovnaný gén pre Bet v 1 (NCBI: AJ006913) druhu Betula verrucosa Ehrh. s inými rastlinnými druhmi, ktorých sekvencie sú dostupné v genomických databázach, algoritmom BLAST. Výsledky in silico analýz poukazujú na nedostatok či absenciu sekvenčných záznamov PR-10. Jedným z cieľov dizertačnej práce bolo vytvorenie metodiky pre genomické určenie prítomnosti sekvencií Bet v 1 homológov na úrovni DNA (BBAP technika) a následná analýza týchto 30 ovocných druhov. Sekvenčné záznamy Bet v 1 boli použité pre dizajn degenerovaných primerov, ktoré zachytávajú konzervovanú oblasť génov PR-10 proteínov v rôznych druhoch či izoformách. Profily dĺžkového polymorfizmu amplifikovaných produktov naznačujú schopnosť degenerovaných primerov odlíšiť veľmi časté krížové alergény od klinicky menej významných až nevýznamných. Profily vytvorené na základe BBAP sú medzidruhovo podobné na menej ako 50 %, najväčší počet amplikónov sa tvoril pri druhoch Ficus carica L., Carica papaya L. či Pyrus communis L., všetky druhy boli rozdelené do piatich skupín. Najčastejšie syntetizované boli amplikóny o veľkosti 217 bp (F+R1) a 550 bp (F+R3). Vnútrodruhová analýza potvrdila in silico porovnania primerov a nukleotidového sekvenčného záznamu pre Mal d 1, zároveň rozdelila navrhnuté primery. Primerové páry F + R1/R2 zachytávajú stabilitu ypr10 génov medzi odrodami, primerové páry F + R3/R4 generujú polymorfizmus a ponúkajú možnosť využitia BBAP ako markérovacej techniky. Transkriptomické analýzy, realizované v dizertačnej práci, popisujú aktivitu génov pre Mal d 1 počas vývinu plodu M. domestica Borkh., ako veľmi dynamickú pri všetkých izoformách génov pre Mal d 1 a tesne pred dozretím nižšiu ako v nasledujúcich fázach. Porovnaním expresie génov pre Mal d 1 a diskusiou s inými autormi je možné využiť odrodu Ecolette ako potenciálne vhodnú pri počiatočných fázach imunizácie pacientov alergických na jablká. Author’s abstract: The prevalence of respiratory and immune diseases increasing every year. In Central and Northern Europe, the birch-pollen allergy is induced by Bet v 1 protein, which is classified to PR-10 family. Members of PR-10 family report high identity in higher structures of proteins what causes cross-reactions in hypersensitive patients. It is the reason why the patients may to develop more than one food allergy throughout their life. Results compare the gene for Bet v 1 (NCBI: AJ006913) with other plant species whose sequences are available in genomic databases using the BLAST algorithm. The results of in silico analyzes indicate a lack or absence of PR-10 sequence records. One of the aims was to develop a methodol for genomic determination of the presence of Bet v 1 – homologs at the DNA level (BBAP technique) and subsequent analysis of 30 fruit species. The Bet v 1 sequence records were used to design degenerated primers that capture both the conserved and the variable region of PR-10 protein genes in various species or isoforms. The length polymorphism profiles of the amplified products indicate the ability of the degenerated primers to distinguish very common cross-allergens from clinically major to minor ones. Profiles based on BBAP are similar to less than 50 % (among species), the largest number of amplicons was formed in the species Ficus carica L., Carica papaya L. or Pyrus communis L., all species were divided into five groups. The most stable were amplicons of 217 bp (F + R1) and 550 bp (F + R3). BBAP analysis for apple cultivars confirmed in silico comparisons of primers and nucleotide sequence record for Mal d 1, while splitting the designed primers into two groups. F + R1 / R2 primer pairs are able to capture the stability of ypr10 genes between varieties, F + R3 / R4 primer pairs are able to create polymorphisms and offer the possibility of using BBAP as a marker technique.Transcriptomic analyzes describe the activity of the genes for Mal d 1 during the the M. domestica Borkh. fruit development, which is very dynamic and always lower before maturation than in the following stages. By comparing gene expression for Mal d 1 and discussing with authors, there is a possibility of using the Ecolette variety as potentially suitable in the early stages of immunization of patients allergic to apples. Country Slovakia Language Slovak URL http://opac.crzp.sk/openURL?crzpSigla=spunitra&crzpID=53441 Copies 1, available for regular loan 0, in-library use only 1 Database Graduate theses 
book
Call number Dislocation Collection in study room Available VP-97762 Štúrova - záverečné práce in-library use only
Number of the records: 1