Number of the records: 1
Porovnanie metód izolácie RNA z mäsožravých rastlín rodu Drosera
Title Porovnanie metód izolácie RNA z mäsožravých rastlín rodu Drosera = [Comparison of RNA isolation methods from carnivorous plants of the genus Drosera] / Katarína Heldesová ; vedúci záverečnej práce Zdenka Gálová ; konzultant Jana Libantová Author-s Heldesová, Katarína (Author)
Gálová, Zdenka, ; SPUFBP31 (Thesis advisor)Libantová, Jana (Thesis advisor) Corporation Slovenská poľnohospodárska univerzita (Nitra, Slovensko). Fakulta biotechnológie a potravinárstva. Ústav biotechnológie Published 2023 Description 84 s., [3] s. príl. : grafy, ilustr., tab. ; 30 cm Notes Súbežný názov prevzatý z databázy uis SPU. V práci uvedený projekt - APVV-20-0545 a VEGA 2/0041/20 . Bibliografia s. 63-83 . Resumé anglicky, slovensky . Diplomová práca (Ing.). - Ústav biotechnológie FBP SPU v Nitre (v práci uvedené Ústav genetiky a biotechnológií rastlín SAV) Subject-s diplomové práce Annotation Autorský abstrakt: Mäsožravé rastliny rodu Drosera sú v súčasnosti predmetom záujmu pretože predstavujú potenciálny zdroj génov kódujúcich hydrolytické enzýmy využiteľné pri biokontrole škodcov. Drosera tieto enzýmy produkuje na povrchu svojich listov pre trávenie hmyzej koristi. Prvotným a kľúčovým krokom pri analýze expresie génov zapojených do procesu trávenia je izolácia RNA. Pre získanie kvalitnej RNA je však potrebné vybrať vhodnú metodiku, ktorá úspešne inaktivuje ribonukleázy a eliminuje kontaminanty, predovšetkým polysacharidy a sekundárne metabolity, ktoré negatívne ovplyvňujú izolačný proces a ďalšie využitie RNA. V práci sme sa venovali porovnaniu troch protokolov izolácie RNA z Drosera binata. Dva z protokolov boli založené na CTAB extrakčnom roztoku s rozdielnymi denaturačnými a redukčnými činidlami, zdrojmi iónov a spôsobmi purifikácie a zrážania RNA. Tretí protokol zahŕňal využitie komerčne dostupného izolačného kitu. Úspešnosť protokolov bola hodnotená na základe výťažku, purity a integrity izolovanej RNA pomocou spektrofotometrickej analýzy a elektroforézou na agarózovom géli. Z našich výsledkov vyplynulo, že využitie CTAB extrakčného roztoku s obsahom močoviny v spojení s fenol-chloroformovou separáciou a zrážaním izopropanolom (protokol 1) vytvára podmienky pre získanie výrazne vyššieho výťažku RNA, než zvyšnými protokolmi. Najlepšia purita bola však dosiahnutá využitím CTAB extrakčného roztoku s obsahom PVP a β-ME v spojení s chloroformovou separáciou kontaminantov a dvojitým zrážaním RNA – chloridom lítnym a následne octanom sodným s etanolom (protokol 2). Oboma protokolmi bolo možné izolovať intaktnú RNA. Použitý izolačný kit (protokol 3) sa preukázal ako nevhodný na izoláciu RNA z Drosera binata, a to z hľadiska výťažku aj purity. Naše výsledky môžu prispieť k ďalšej optimalizácii izolačných protokolov a skúmaniu biotechnologického potenciálu rodu Drosera. Author’s abstract: Carnivorous plants of the genus Drosera are currently interesting research subject as they represent a potential source of genes for hydrolytic enzymes useful in pest biocontrol. Drosera produces these enzymes on the surface of its modified leaves for the digestion of insect prey. The initial and key step in analyzing the expression of genes involved in the digestion process is RNA isolation. However, in order to obtain high-quality RNA, it is necessary to choose a suitable methodology that successfully inactivates ribonucleases and eliminates contaminants, especially polysaccharides and secondary metabolites, which negatively affect the isolation process and further use of RNA. In this master thesis, we focused on the comparison of three RNA isolation protocols from Drosera binata. Two of the protocols were based on a CTAB extraction buffer with different denaturing and reducing agents, ion sources, and RNA purification and precipitation methods. The third protocol involved the use of a commercially available isolation kit. The success of the protocols was evaluated based on the yield, purity and integrity of the isolated RNA using spectrophotometric analysis and agarose gel electrophoresis. Our results showed that the use of CTAB extraction buffer containing urea as a denaturant in conjunction with phenol-chloroform separation and precipitation with isopropanol (protocol 1) creates conditions for obtaining a significantly higher RNA yield than the remaining protocols. However, the best purity was achieved by using a CTAB extraction buffer containing PVP and β-ME in conjunction with chloroform separation and double precipitation of RNA – first with lithium chloride and then sodium acetate with ethanol (protocol 2). Both protocols yielded intact RNA. The used isolation kit (protocol 3) proved to be unsuitable for RNA isolation from Drosera binata, both in terms of yield and purity. Our results may contribute to the further optimization of isolation protocols and the investigation of the biotechnological potential of the genus Drosera. Country Slovakia Language Slovak URL http://opac.crzp.sk/openURL?crzpSigla=spunitra&crzpID=57738 Copies 1, available for regular loan 0, in-library use only 1 Database Graduate theses 
book
Call number Dislocation Collection in study room Available VP-97973 Štúrova - záverečné práce in-library use only
Number of the records: 1