Number of the records: 1
Rozvoj komunity mikroorganizmov počas kompostovania
Title Rozvoj komunity mikroorganizmov počas kompostovania = [Development of the community of micro-organisms during composting] / Georg Richard Jencsö ; vedúci záverečnej práce Juraj Medo Author-s Jencsö, Georg Richard (Author)
Medo, Juraj, ; SPUFBP31 (Thesis advisor)Corporation Slovenská poľnohospodárska univerzita (Nitra, Slovensko). Fakulta biotechnológie a potravinárstva. Ústav biotechnológie Published 2023 Description 67 s. : grafy, ilustr., tab. ; 30 cm Notes Súbežný názov prevzatý z databázy uis SPU. V práci uvedený projekt - VEGA 1/0573/23 Mikrobióm kompostu a jeho úloha v zlepšovaní kvality pôdy a rastlinnej produkcie . Bibliografia s. 60-67 . Resumé anglicky, slovensky . Diplomová práca (Ing.). - Ústav biotechnológie FBP SPU v Nitre Subject-s diplomové práce Annotation Autorský abstrakt: Kompostovanie je biologický proces spracovania organických odpadov, ktorého cieľom je vytvorenie kompostu, látky s pozitívnym vplyvom na rastlinnú výrobu. Cieľom tejto práce bolo zistiť zloženie komunity mikroorganizmov, baktérií a húb a jej zmenu počas kompostovania. Vzorky sme odoberali z rôzne starých kôp (3, 30, 90, 120 dní) z 3 hĺbok kopy (10-30 cm, 60-80 cm, 1,5 m) v 3 opakovaniach z každej vzorky sme izolovali DNA dvoma metódami, z 0,5 g suchej vzorky a po homogenizácii 50g kompostu v 200 ml vodnom roztoku. Mikroorganizmy sme analyzovali pomocou DNA metabarkodingu s využitím génu pre 16S rRNA pre baktérie a ITS2 regiónu pre huby. Túto metódu sme zvolili lebo je nezávislá od kultivácie, ktorá je nemožná pre mnohé mikroorganizmy žijúce v komposte. DNA sme sekvenovali systémom Illumina. Na základe kriviek zriedkavosti sme zhodnotili, že naše vzorky napriek nižšiemu počtu získaných sekvencií u baktérií, dostatočne dobre popisovali mikrobióm. Alfa diverzita baktérií po náraste medzi 3. a 30. dňom ostala viac menej konštantná. Diverzita húb bola oveľa nižšia ako diverzita baktérií, čo poukazuje na nižší počet druhov húb zúčastňujúcich sa kompostovacieho procesu oproti baktériám. Diverzita húb poklesla počas kompostovania a len mierne narástla v hotovom komposte. Analýza beta diverzity potvrdila vysoko preukazný vplyv veku kompostu na zloženie komunity baktérií aj húb. Hĺbka odberu nemala preukazný vplyv na alfa ani beta diverzitu baktérií pravdepodobne vďaka pravidelnému premiešavaniu kôp, ktoré má dosiahnuť rovnomerný rozklad kompostov po celej kope, ale ovplyvňovala diverzitu húb, keď komunita v povrchových vzorkách bola odlišná, pravdepodobne pre selekčné účinky tepla vo vnútri kopy. Metóda izolácie s homogenizáciou kompostu vo vodnom roztoku preukázala vyššie dosiahnuté indexy alfa diverzity a preukazný rozdiel zloženia komunity, aj keď rozdiely v zložení boli minimálne. Najvyššie zastúpenie mali baktérie z kmeňov Bacteroidetes (29%), Proteobacteria, (24%) a Firmicutes, (20%) a huby z oddelení Ascomycota (78%), Basidiomycota (13%), Mucoromycota (6%), ich zastúpenie ale bolo veľmi premenlivé počas kompostovania. Porovnaním zloženia komunít sme zistili, že hlavná príčina zmien v mikrobióme bol vek kým ostatné parametre, teda hĺbka, a metóda analýzy mali preukázateľný vplyv ale ten bol celkovo menší. Author’s abstract: Composting is a biological process of treating organic waste to produce compost, a substance with a positive effect on crop production. The aim of this work was to investigate the composition of the community of microorganisms, bacteria and fungi and its change during composting. Samples were collected from differently aged piles (3, 30, 90, 120 days) from 3 depths of the pile (10-30 cm, 60-80 cm, 1.5 m) in 3 repetitions from each sample, DNA was isolated by two methods, from 0.5 g of dry sample and after homogenization of 50 g of compost in 200 ml of aqueous solution. Microorganisms were analysed by DNA metabarcoding using the 16S rRNA gene for bacteria and the ITS2 region for fungi. We chose this method because it is independent of cultivation, which is impossible for many microorganisms living in compost DNA was sequenced with the Illumina system. Based on the rarity curves, we assessed that our samples, despite the lower number of sequences obtained for bacteria, described the microbiome well enough. The alpha diversity of the bacteria remained more or less constant after the increase between day 3 and day 30. Fungal diversity was much lower than bacterial diversity, indicating a lower number of fungal species involved in the composting process compared to bacteria. Fungal diversity decreased during composting and only slightly increased in the finished compost. The beta diversity analysis confirmed a highly significant effect of compost age on the community composition of both bacteria and fungi. The depth of sampling had no demonstrable effect on alpha or beta diversity of bacteria, probably due to the regular mixing of the piles to achieve uniform decomposition of the composts throughout the pile. but did affect fungal diversity when the community in the surface samples was different, probably due to selection effects of heat within the pile. The isolation method with homogenization of the compost in aqueous solution showed higher achieved alpha diversity indices and a demonstrable difference in community composition, although differences in composition were minimal. Bacteria from the phyla Bacteroidetes (29%), Proteobacteria, (24%) and Firmicutes, (20%), and fungi from the compartments Ascomycota (78%), Basidiomycota (13%), Mucoromycota (6%) had the highest abundance, but their representation was highly variable during composting. By comparing the community composition, we found that age was the main cause of changes in the microbiome while other parameters, i.e., depth, and method of analysis had a demonstrable effect, but the later was minor overall. Country Slovakia Language Slovak URL http://opac.crzp.sk/openURL?crzpSigla=spunitra&crzpID=60064 Copies 1, available for regular loan 0, in-library use only 1 Database Graduate theses 
book
Call number Dislocation Collection in study room Available VP-97921 Štúrova - záverečné práce in-library use only
Number of the records: 1