Number of the records: 1
Hodnotenie genomickej diverzity plemena slovenský teplokrvník
Title Hodnotenie genomickej diverzity plemena slovenský teplokrvník = [Evaluation of genomic diversity of Slovak Warmblood horse] / Mária Straková ; vedúci záverečnej práce Nina Moravčíková ; konzultant Radovan Kasarda Author-s Straková, Mária (Author)
Moravčíková, Nina, ; SPUFAP33 (Thesis advisor)Kasarda, Radovan, ; SPUFAP33 (Thesis advisor) Corporation Slovenská poľnohospodárska univerzita (Nitra, Slovensko). Fakulta agrobiológie a potravinových zdrojov. Ústav výživy a genomiky Published 2023 Description 67 s. : grafy, tab. ; 30 cm Notes Súbežný názov prevzatý z databázy uis SPU. V práci uvedený projekt - APVV-17-0060 Genomické indikátory mimojadrovej DNA ako zdroj živočíšnej diverzity pre šľachtenie zvierat ; APVV-20-0161 Vplyv efektov šľachtenia na realizáciu genetickej premenlivosti a manifestáciu úžitkovosti a zdravia hospodárskych zvierat . Bibliografia s. 50-67 . Resumé anglicky, slovensky . Diplomová práca (Ing.). - Ústav výživy a genomiky FAPZ SPU v Nitre Subject-s diplomové práce Annotation Autorský abstrakt: Cieľom diplomovej práce bolo vyhodnotenie genomickej diverzity plemena slovenský teplokrvník na základe stanovenia celkovej heterozygotnosti a genomického koeficienta inbrídingu, analýza genetickej štruktúry a identifikácia selekčných signálov odvodených od podielu homozygotných úsekov v jeho genóme. Testovaná populácia pozostáva z 81 jedincov plemena slovenský teplokrvník, 7 jedincov holandského teplokrvníka a 6 jedincov plemena oldenbrug. Na genotypovanie DNA zvierat bol použitý čip GGP Equine 70k. V našej práci sme hodnotili diverzitu na základe stanovenia pozorovanej (Ho) a očakávanej (He) heterozygotnosti a koeficienta inbrídingu vyjadreného fixačným indexom FIS. Genetickú štruktúru sme hodnotili pomocou fixačného indexu FST, Neiovej štandardnej genetickej vzdialenosti a analýzy hlavných komponentov. Selekčné signály v genóme plemena slovenský teplokrvník sme určili pomocou výpočtu frekvencie výskytu SNP markerov v homozygotných úsekoch u hodnotených jedincov. Celková priemerná hodnota Ho bola 0,437±0,003, He 0,415±0,002 a FIS bola -0,054±0,004. Genetické vzdialenosti (Da=0,045, FST=0,03) a analýza hlavných komponentov preukázali, že populácie sú navzájom prepojené, najmä v dôsledku ich spoločnej histórie. Selekčné signály sme identifikovali v úsekoch na chromozómoch 3, 4, 6, 7, 11, 15 a 17. V týchto oblastiach sme súčasne našli 32 génov a 6 QTL lokusov, pričom veľký podiel z nich mal súvis s výskytom ochorení ako hypersenzitivita na uhryznutie hmyzom alebo osteochondróza ako aj významnými fenotypovými znakmi, napríklad športová výkonnosť. Získané informácie preto môžu byť do budúcna prínosné pre výskum v oblasti genetickej kontroly utvárania významných fenotypových vlastností u teplokrvných plemien koní. Author’s abstract: The aim of the diploma thesis was to evaluate the genomic diversity of the Slovak Warmblood horse breed based on the determination of overall heterozygosity and genomic inbreeding coefficient, analysis of the genetic structure and identification of selection signals derived from the proportion of homozygous segments in its genome. The tested population consists of 81 individuals of the Slovakian Warmblood horse, 7 of the Dutch Warmblood horse, and 6 of the Oldenburg breed. DNA of all animals was genotyped by GGP Equine 70k chip. In our study, diversity was evaluated by determining observed (Ho) and expected (He) heterozygosity and inbreeding coefficient expressed by the fixation index FIS. Genetic structure was evaluated based on the fixation index FST, Nei's standard genetic distance (Da) and principal component analysis. Selection signals in the genome of the Slovak Warmblood horse were determined by calculating the frequency of SNP markers occurring in homozygous segments in the evaluated individuals. The total average value of Ho was 0.437±0.003, He 0.415±0.002 a FIS was -0.054±0.004. Genetic distances (Da=0.045, FST=0.03) and principal component analysis revealed that analysed populations were linked mainly due to their common history. Selection signals were identified in regions on chromosomes 3, 4, 6, 7, 11, 15 and 17. We simultaneously found 32 genes and 6 QTL loci in these regions, a large proportion of which were related to the occurrence of diseases such as insect bite hypersensitivity or osteochondrosis as well as important phenotypic traits such as sports performance. Therefore, the obtained information may be beneficial for future research in the field of genetic control of the important phenotypic traits in warmblood horses. Country Slovakia Language Slovak URL http://opac.crzp.sk/openURL?crzpSigla=spunitra&crzpID=58829 Copies 1, available for regular loan 0, in-library use only 1 Database Graduate theses 
book
Call number Dislocation Collection in study room Available VP-97891 Štúrova - záverečné práce in-library use only
Number of the records: 1