Number of the records: 1
Analýza genetickej diverzity slovenského strakatého plemena s použitím celogenómových dát
Title Analýza genetickej diverzity slovenského strakatého plemena s použitím celogenómových dát [elektronický zdroj] = [Analysis of Genetic Diversity of Slovak Spotted Cattle with Use of Whole-Genome Data] / Ján Prišťák ; vedúci záverečnej práce Radovan Kasarda ; konzultant Nina Moravčíková Author-s Prišťák, Ján, ; SPUFAP33 (Author)
Kasarda, Radovan, ; SPUFAP33 (Thesis advisor)Moravčíková, Nina, ; SPUFAP33 (Thesis advisor) Corporation Slovenská poľnohospodárska univerzita (Nitra, Slovensko). Fakulta agrobiológie a potravinových zdrojov. Ústav výživy a genomiky Published 2023 Description 89 s. : grafy, ilustr., príl., tab. ; 30 cm Notes V práci uvedený projekt - APVV-20-0161 Vplyv efektov šľachtenia na realizáciu genetickej premenlivosti a manifestáciu úžitkovosti a zdravia hospodárskych zvierat. Súbežný názov prevzatý z databázy uis SPU . Bibliografia s. 74-88 . Resumé anglicky, slovensky . Doktorandská dizertačná práca (PhD.).- Ústav výživy a genomiky FAPZ SPU v Nitre Subject-s slovenský strakatý dobytok plemená hovädzí dobytok genetické zdroje živočíchov genetická rozmanitosť príbuzenská plemenitba živočíšne populácie dizertácie Annotation Autorský abstrakt: Hodnotenie genetickej diverzity je nevyhnutným predpokladom na správne riadenie a udržanie populácie zvierat. Strata genetickej diverzity negatívne ovplyvňuje produkčné vlastnosti a adaptabilitu plemena na meniace sa podmienky produkčného prostredia. Udržanie genetickej diverzity nie je dôležité len z hľadiska veľkopočetných plemien, ale aj z hľadiska dlhodobej udržateľnosti menej početných plemien, ktoré sú dôležité či už jedinečnosťou génov, alebo kultúrnou hodnotou. Cieľom našej práce bolo zhodnotiť úroveň genetickej diverzity slovenského strakatého plemena na základe celogenómových informácií a zistené hodnoty porovnať s výsledkami rodokmeňovej analýzy. V práci bolo použitých 37 býkov narodených v rokoch 1972 – 2011 a 137 genotypovaných kráv (50 matiek býkov a 89 kráv z aktívnej populácie). Na genotypovanie boli použité BovineSNP50v2 BeadChip a International Dairy & Beef Chip. Genomická databáza obsahovala po kontrole kvality pre každého jedinca informácie o 36641 SNP markeroch. Úroveň genomickej diverzity bola odhadnutá na základe stanovenia viacerých parametrov. Priemerný počet ROH > 16 Mb bol 0,24 ± 0,54 s priemernou dĺžkou 5,55 Mbp ± 12,19 Mbp. Koeficient inbrídingu FROH > 16 Mb bol na úrovni 0,68 % pre celú populáciu.. Efektívna veľkost populácie na základe SNP bola 52 jedincov pre celú populáciu, 41 jedincov pre populáciu kráv a 26 jedincov pre populáciu býkov.. Pozorovaná heterozygotnosť pre celú populáciu bola Ho = 0,35 a očakávaná heterozygotnosť He = 0,34. V rámci rodokmeňovej analýzy bolo hodnotenýv v referenčnej populácii (RP), žijúcej po roku 2010, 719 býkov a 21821 kráv. Index kompletnosti rodokmeňov v RP bol PCI = 95,92 %. Koeficient inbrídingu v RP bol FPED = 4,91 %. Efektívna veľkosť populácie na základe individuálneho nárastu inbrídingu bola Ne = 45 jedincov. Dané výsledky môžu byť využité ako základ pre dobré riadenie plemena s cieľom zlepšenia genetickej diverzity. Author’s abstract: Assessment of genetic diversity is a prerequisite for proper management and maintenance of animal populations. The loss of genetic diversity negatively affects the production characteristics and adaptability of the breed to the changing conditions of the production environment. The maintenance of genetic diversity is not only important from the point of view of large breeds, but also from the point of view of the long-term sustainability of less numerous breeds, which are important either because of the uniqueness of genes or because of their cultural value. The goal of our work was to evaluate the level of genetic diversity of the Slovak spotted breed based on whole-genome information and to compare the obtained values with the results of pedigree analysis. 37 bulls born between 1972 and 2011 and 137 genotyped cows (50 dams of bulls and 89 cows from the active population) were used in work. BovineSNP50v2 BeadChip and International Dairy & Beef Chip were used for genotyping. After quality control, the genomic database contained information on 36641 SNP markers for each individual. The level of genomic diversity was estimated based on the determination of several parameters. The mean number of ROH > 16 Mb was 0.24 ± 0.54 with a mean length of 5.55 Mbp ± 12.19 Mbp. The inbreeding coefficient of FROH > 16 Mb was at the level of 0.68 % for the entire population. The effective population size based on SNPs was 52 individuals for the entire population, 41 individuals for the cow population, and 26 individuals for the bull population. The observed heterozygosity for the entire population was Ho = 0.35, and expected heterozygosity He = 0.34. As part of the pedigree analysis, 719 bulls and 21821 cows were evaluated in the reference population (RP), living after 2010. The completeness index of pedigrees in the RP was PCI = 95.92 %. The coefficient of inbreeding in RP was FPED = 4.91 %. The effective population size based on the individual increase in inbreeding was Ne = 45 individuals. The given results can be used as a basis for good management of the breed with the aim of improving genetic diversity. Country Slovakia Language Slovak URL http://opac.crzp.sk/openURL?crzpSigla=spunitra&crzpID=38343 Copies 1, available for regular loan 0, in-library use only 1 Database Graduate theses 
book
Call number Dislocation Collection in study room Available VP-98581 Štúrova - záverečné práce in-library use only
Number of the records: 1