Number of the records: 1
Analýza genetickej diverzity slovenského strakatého plemena s použitím celogenómových dát
SYS x0009373 LBL 00000ctm-a22-----3a-4500 003 SK-NiSPK 005 20240131152905.2 007 ta 008 202001s2023----xo-a---f-mn---000-0-slo-d 040 $a NI001 $b slo 041 0-
$a slo $b eng 044 $a xo $c SK 080 $a 636.237.2 $2 2001 080 $a 636.082 $2 2001 080 $a 636.2 $2 2001 080 $a 575.113:592/599 $2 2001 080 $a 574.1 $2 2001 080 $a 636.082.252 $2 2001 080 $a 591.5:574.3 $2 2001 080 $a (043.3) $2 2001 100 1-
$7 spu_us_auth*0408463 $a Prišťák, Ján, $d 1994- $u SPUFAP33 $4 aut 245 10
$a Analýza genetickej diverzity slovenského strakatého plemena s použitím celogenómových dát $h [elektronický zdroj] = $b [Analysis of Genetic Diversity of Slovak Spotted Cattle with Use of Whole-Genome Data] / $c Ján Prišťák ; vedúci záverečnej práce Radovan Kasarda ; konzultant Nina Moravčíková 246 11
$a Analysis of Genetic Diversity of Slovak Spotted Cattle with Use of Whole-Genome Data 260 $c 2023 300 $a 89 s. : $b grafy, ilustr., príl., tab. ; $c 30 cm 500 $a V práci uvedený projekt - APVV-20-0161 Vplyv efektov šľachtenia na realizáciu genetickej premenlivosti a manifestáciu úžitkovosti a zdravia hospodárskych zvierat 500 $a Súbežný názov prevzatý z databázy uis SPU 502 $a Doktorandská dizertačná práca (PhD.).- Ústav výživy a genomiky FAPZ SPU v Nitre 504 $a Bibliografia s. 74-88 520 $a Autorský abstrakt: Hodnotenie genetickej diverzity je nevyhnutným predpokladom na správne riadenie a udržanie populácie zvierat. Strata genetickej diverzity negatívne ovplyvňuje produkčné vlastnosti a adaptabilitu plemena na meniace sa podmienky produkčného prostredia. Udržanie genetickej diverzity nie je dôležité len z hľadiska veľkopočetných plemien, ale aj z hľadiska dlhodobej udržateľnosti menej početných plemien, ktoré sú dôležité či už jedinečnosťou génov, alebo kultúrnou hodnotou. Cieľom našej práce bolo zhodnotiť úroveň genetickej diverzity slovenského strakatého plemena na základe celogenómových informácií a zistené hodnoty porovnať s výsledkami rodokmeňovej analýzy. V práci bolo použitých 37 býkov narodených v rokoch 1972 – 2011 a 137 genotypovaných kráv (50 matiek býkov a 89 kráv z aktívnej populácie). Na genotypovanie boli použité BovineSNP50v2 BeadChip a International Dairy & Beef Chip. Genomická databáza obsahovala po kontrole kvality pre každého jedinca informácie o 36641 SNP markeroch. Úroveň genomickej diverzity bola odhadnutá na základe stanovenia viacerých parametrov. Priemerný počet ROH > 16 Mb bol 0,24 ± 0,54 s priemernou dĺžkou 5,55 Mbp ± 12,19 Mbp. Koeficient inbrídingu FROH > 16 Mb bol na úrovni 0,68 % pre celú populáciu.. Efektívna veľkost populácie na základe SNP bola 52 jedincov pre celú populáciu, 41 jedincov pre populáciu kráv a 26 jedincov pre populáciu býkov.. Pozorovaná heterozygotnosť pre celú populáciu bola Ho = 0,35 a očakávaná heterozygotnosť He = 0,34. V rámci rodokmeňovej analýzy bolo hodnotenýv v referenčnej populácii (RP), žijúcej po roku 2010, 719 býkov a 21821 kráv. Index kompletnosti rodokmeňov v RP bol PCI = 95,92 %. Koeficient inbrídingu v RP bol FPED = 4,91 %. Efektívna veľkosť populácie na základe individuálneho nárastu inbrídingu bola Ne = 45 jedincov. Dané výsledky môžu byť využité ako základ pre dobré riadenie plemena s cieľom zlepšenia genetickej diverzity. 520 $a Author’s abstract: Assessment of genetic diversity is a prerequisite for proper management and maintenance of animal populations. The loss of genetic diversity negatively affects the production characteristics and adaptability of the breed to the changing conditions of the production environment. The maintenance of genetic diversity is not only important from the point of view of large breeds, but also from the point of view of the long-term sustainability of less numerous breeds, which are important either because of the uniqueness of genes or because of their cultural value. The goal of our work was to evaluate the level of genetic diversity of the Slovak spotted breed based on whole-genome information and to compare the obtained values with the results of pedigree analysis. 37 bulls born between 1972 and 2011 and 137 genotyped cows (50 dams of bulls and 89 cows from the active population) were used in work. BovineSNP50v2 BeadChip and International Dairy & Beef Chip were used for genotyping. After quality control, the genomic database contained information on 36641 SNP markers for each individual. The level of genomic diversity was estimated based on the determination of several parameters. The mean number of ROH > 16 Mb was 0.24 ± 0.54 with a mean length of 5.55 Mbp ± 12.19 Mbp. The inbreeding coefficient of FROH > 16 Mb was at the level of 0.68 % for the entire population. The effective population size based on SNPs was 52 individuals for the entire population, 41 individuals for the cow population, and 26 individuals for the bull population. The observed heterozygosity for the entire population was Ho = 0.35, and expected heterozygosity He = 0.34. As part of the pedigree analysis, 719 bulls and 21821 cows were evaluated in the reference population (RP), living after 2010. The completeness index of pedigrees in the RP was PCI = 95.92 %. The coefficient of inbreeding in RP was FPED = 4.91 %. The effective population size based on the individual increase in inbreeding was Ne = 45 individuals. The given results can be used as a basis for good management of the breed with the aim of improving genetic diversity. 530 $a Dostupné aj online 546 $a Resumé anglicky, slovensky 650 07
$7 spu_us_auth*0341085 $a slovenský strakatý dobytok $2 NI001PH 650 07
$7 spu_us_auth*0251383 $a plemená $2 NI001PH 650 07
$7 spu_us_auth*0250383 $a hovädzí dobytok $2 NI001PH 650 07
$7 spu_us_auth*0344947 $a genetické zdroje živočíchov $2 NI001PH 650 07
$7 spu_us_auth*0392884 $a genetická rozmanitosť $2 NI001PH 650 07
$7 spu_us_auth*0251386 $a príbuzenská plemenitba $2 NI001PH 650 07
$7 spu_us_auth*0352145 $a živočíšne populácie $2 NI001PH 655 -7
$7 spu_us_auth*0341489 $a dizertácie $2 NI001PH 700 1-
$7 spu_us_auth*0016191 $a Kasarda, Radovan, $d 1974- $u SPUFAP33 $4 ths 700 1-
$7 spu_us_auth*0352857 $a Moravčíková, Nina, $d 1986- $u SPUFAP33 $4 ths 710 2-
$7 spu_us_auth*0434258 $a Slovenská poľnohospodárska univerzita (Nitra, Slovensko). $b Fakulta agrobiológie a potravinových zdrojov. $b Ústav výživy a genomiky $4 dgg 856 41
$u http://opac.crzp.sk/openURL?crzpSigla=spunitra&crzpID=38343
Number of the records: 1