Počet záznamov: 1
Využitie markerovacích systémov v analýze genómu ovsa siateho (Avena sativa L.)
Názvové údaje Využitie markerovacích systémov v analýze genómu ovsa siateho (Avena sativa L.) [elektronický zdroj] = [The Use of Marker Systems in Oat (Avena sativa L.) Genome Analysis] / Martin Pavlovič ; vedúci záverečnej práce Veronika Štefúnová Autor-i Pavlovič, Martin (aut.)
Štefúnová, Veronika, ; SPUFAP31 (škol.)Korporácia Slovenská poľnohospodárska univerzita (Nitra, Slovensko). Fakulta agrobiológie a potravinových zdrojov. Ústav rastlinných a environmentálnych vied Vyd.údaje 2022 Rozsah 1 online zdroj (99 s.) : ilustr., tab. Poznámky V práci uvedený projekt - VEGA 1/0291/21 Genomicko-proteomická charakteristika a významných potravinových zdrojov rastlín z hľadiska prípravy zdravých a bezpečných potravín. Názov z titulnej obrazovky (stav zo dňa 23.01.2023). Súbežný názov prevzatý z databázy uis SPU . Bibliografia s. 88-99 . Spôsob prístupu: World Wide Web . Resumé anglicky, slovensky . Diplomová práca (Ing.). - Ústav rastlinných a environmentálnych vied FAPZ SPU v Nitre Predmet diplomové práce elektronické vysokoškolské kvalifikačné práce Anotácia Autorský abstrakt: Ovos siaty (Avena sativa L.) je jednou z celosvetovo najpestovanejších obilnín a v niekoľkých krajinách je cenným zdrojom pre ľudskú spotrebu, aj ako krmivo pre zvieratá. Je to významná plodina s vysokou dietetickou a tiež nutričnou hodnotou. Obsah biologicky hodnotných bielkovín, vhodné zloženie sacharidov, vitamíny E a B, vysoký obsah tukov, množstvo minerálnych látok a ľahko rozpustná vláknina dávajú ovsu vysokú nutričnú a energetickú hodnotu. Antioxidanty chránia telo pred škodlivými voľnými radikálmi a zohrávajú dôležitú úlohu pri prevencii chorôb, ako je rakovina, artritída či ateroskleróza. Genotypizácia je základným postupom na identifikáciu agronomicky významných génov a analýzu štruktúry populácie. V súčasnosti sú vyvinuté rôzne typy systémov genetických markerov, ktoré sú dôležitým nástrojom v oblasti šľachtenia rastlín. Gradientová PCR umožňuje stanovenie optimálnej teploty a času v polymerázovej reťazovej reakcii, čo predstavuje významný faktor v optimalizácie podmienok pre získanie reprodukovateľných výsledkov. Takúto optimalizáciu je možné dosiahnuť aj v rámci jednej analýzy nastavením rôznych hodnôt denaturácie, naviazania prajmera a polymerizácie v gradientovej PCR, čím je možné ušetriť čas, chemikálie, aj spotrebný materiál. Teplotný gradient bol stanovený v rozsahu 54,0 – 64,0 °C. Naším cieľom bolo otestovať vhodnosť vybraných markerovacích systémov a určiť optimálne podmienky v polymerázovej reťazovej reakcii. Analyzované boli tri odrody ovsa siateho (Avena sativa L.) FLENZAN, DAGLES, BLACK BEAUTY. Z každého genotypu bolo použitých päť variantov – obilka, list, stonka, koreň a pleva. Z nich bola izolovaná DNA podľa Rogers, Bendich (1994). DNA jednotlivých genotypov bol analyzovaný metódami ISSR, IPBS, RAPD a BARE. V rámci každej metódy boli v optimalizácii použité štyri prajmery. Amplifikované fragmenty boli separované v 1,5 % agarózovom gély. Pomocou obrazového dokumentačného systému Biometra bola na základe získaných výsledkov, určená optimálna teplota pre daný prajmer. Na základe výsledkov ISSR analýzy boli získané najlepšie výsledky pomocou prajmeru FLAX1, pričom optimálna teplota pre naviazanie prajmera bola 63,8 °C. V rámci prajmeru 2039, čo reprezentovalo markerovací systém IPBS, bola optimálna teplota pre annealing 64,0 °C zo sledovaného teplotného gradientu. RAPD metóda poskytla pri prajmeri LAN2 ideálnu teplotu naviazania prajmera 58,4 °C. Pri metóde analýzy BARE sa získali najlepšie výsledky pri prajmery BARLEY PO4 s ideálnou teplotou annealingu 54,2 °C. Uvedené teploty odporúčame ako optimálne annealingu pre jednotlivé prajmery v analýze genómu ovsa. Optimalizované podmienky boli aplikované na ďalších 9 genotypov ovsa siateho: ARNE, CALIBRE, CASCADE, FLAMINGSGARAND, FLAMINGSREGENT, FUCHS, MAGNE, MARLOO a SENATOR. Skríningom týchto genotypov ovsa siateho (Avena sativa L.) a na základe výsledkov z obrazového dokumentačného systému Biometra sa zistilo, že metódy RAPD a BARE nevykazovali polymorfizmus pri jednotlivých genotypoch so sledovanými markerovacími systémami. Naopak metóda ISSR s prajmerom FLAX1 a metódoa IPBS s prajmerom 2039 preukázali polymorfizmus pri sledovaných genotypoch ovsa siateho (Avena sativa L.). Pre ďalšie analýzy polymorfizmu jednotlivých genotypov ovsa siateho (Avena sativa L.) odporúčame pokračovať s ďalšími prajmermy metód ISSR a IPBS. Author’s abstract: The oat (Avena sativa L.) is one of the world’s most widely grown cereals and in several countries is a valuable resource for human consumption, as well as for animal feed. It is an important crop with high dietary and also nutritional value. The content of biologically valuable proteins, suitable carbohydrate composition, vitamins E and B, high fat content, amount of minerals and easily soluble fibre provide oats with a high nutritional and energy value. Antioxidants protect the body from harmful free radicals and play an important role in preventing diseases such as cancer, arthritis or atherosclerosis. Genotyping is a basic procedure for identifying agronomically important genes and analysing the structure of population. Various types of genetic marker systems, which are an important tool in the field of plant breeding, are currently developed. Gradient PCR allows determination of an optimal temperature and time in the polymerase chain reaction, which is an important factor in optimizing the conditions for obtaining reproducible results. Such optimization can also be achieved in a single analysis by setting different values of denaturation, primer binding and polymerization in the gradient PCR, thus saving time, chemicals and consumables. The temperature gradient was determined in the range of 54.0 - 64.0 °C. Our objective was to test the suitability of selected marker systems and determine the optimal conditions in the polymerase chain reaction. Three varieties of oats (Avena sativa L.) FLENZAN, DAGLES and BLACK BEAUTY were analysed. From each genotype, five variants were used - caryopsis, leaf, stem, root and chaff. The DNA was isolated from them according to Rogers, Bendich (1994). DNA of the individual genotypes was analysed by the methods of ISSR, IPBS, RAPD and BARE. Within each method, four primers were used in the optimization. The amplified fragments were separated in 1.5 % agarose gel. Using the Biometra image documentation system and based on the obtained results was determined the optimal temperature for the given primer. Based on the results of the ISSR analysis, the best results were obtained using the FLAX1 primer, in which the optimal temperature for primer binding was 63.8 °C. Within the primer 2039, which represented the IPBS marker system, the optimal temperature for annealing was 64.0 °C of the observed temperature gradient. The RAPD method provided the ideal primer binding temperature of 58.4 °C with the LAN2 primer. The retrotransposon analysis method achieved the best results with the BARLEY PO4 primer with the ideal annealing temperature of 54.2 °C. We recommend these temperatures as optimal in annealing for individual primers in the oat genome analysis. The optimized conditions were applied to other 9 genotypes of oats: ARNE, CALIBRE, CASCADE, FLAMINGSGARAND, FLAMINGSREGENT, FUCHS, MAGNE, MARLOO and SENATOR. By screening of these oat (Avena sativa L.) genotypes and based on the results from the Biometra image documentation system, it was found out that the RAPD and BARE marker system did not show polymorphism in individual genotypes within the observed primers. In contrary, the ISSR method with the FLAX1 primer and the IPBS method with the 2039 primer showed polymorphism. Krajina Slovensko Jazyk dok. slovenčina URL http://opac.crzp.sk/openURL?crzpSigla=spunitra&crzpID=57220 Počet ex. [1] Báza dát E-zdroje (online) 
kniha
Signatúra Dislokácia Umiestnenie Voľné O-4062
Počet záznamov: 1