Počet záznamov: 1
Genomická a proteomická variabilita pohánky siatej (Fagopyrum esculentum Moench) a tatárskej (Fagopyrum tataricum Gaertn.)
Názvové údaje Genomická a proteomická variabilita pohánky siatej (Fagopyrum esculentum Moench) a tatárskej (Fagopyrum tataricum Gaertn.) = [Genomic and proteomic variability of common buckwheat (Fagopyrum esculentum Moench) and tartary buckwheat (Fagopyrum tataricum Gaertn.)] / Lucia Čišecká ; vedúci záverečnej práce Želmíra Balážová Autor-i Čišecká, Lucia, ; SPUFBP31 (aut.)
Balážová, Želmíra, ; SPUFBP31 (škol.)Korporácia Slovenská poľnohospodárska univerzita (Nitra, Slovensko). Fakulta biotechnológie a potravinárstva. Ústav biotechnológie Vyd.údaje 2024 Rozsah 134 s. : grafy, ilustr., tab. ; 30 cm Poznámky V práci uvedený projekt - Dopytovo-orientovaný výskum pre udržateľné a inovatívne potraviny, Drive4SIFood313011V336, projekt VEGA 1/0291/21 a projekt KEGA 027SPU-4/2021. Súbežný názov prevzatý z databázy uis SPU . Bibliografia s. 107-134 . Resumé anglicky, slovensky . Doktorandská dizertačná práca (PhD.).- Ústav biotechnológie FBP SPU v Nitre Predmet pohánka siata pohánka tatárska odrody DNA (nukleová kyselina) bielkovinové markery proteóm genetické zdroje rastlín genetický polymorfizmus genetická rozmanitosť molekulárno-genetická analýza dizertácie Anotácia Autorský abstrakt: Pohánka je pseudocereália s vysokou nutričnou kvalitou a antioxidačným potenciálom. Cieľom dizertačnej práce bolo analyzovať genetickú variabilitu 21 odrôd pohánky siatej (Fagopyrum esculentum Moench.) a 14 odrôd pohánky tatárskej (Fagopyrum tataricum Gaertn.) pomocou troch druhov DNA markerov (RAPD, SCoT, SSR) a proteomických analýz (SDS-PAGE, 2-DE). Desať RAPD markerov amplifikovalo priemerne 11,9 polymorfických fragmentov na jeden genotyp. Priemerná hodnota PIC bola pri RAPD markeroch 0,871. Dendrogram zostrojený pomocou UPGMA algoritmu a PCoA analýza pre RAPD markery rozdelili odrody pohánky do dvoch hlavných zhlukov podľa druhu. Desať SCoT markerov amplifikovalo priemerne 16,2 polymorfických fragmentov na primer. Hodnota PIC dosiahla priemernú hodnotu 0,859. Na základe SCoT analýz sa pomocou UPGMA algoritmu odrody pohánky rozdelili do dvoch hlavných zhlukov v dendrograme. PCoA analýzou boli identifikované tri skupiny. Pomocou SSR markerov sme hodnotili variabilitu medzi druhmi, medzi odrodami v rámci druhu, ale aj v rámci odrody. Analýzou 21 SSR markerov bolo amplifikovaných v priemere 11,6 alel na lokus a určili sme priemernú hodnotu PIC 0,711. Heterozygotný stav jedincov a variabilitu v súbore sme pomocou SSR analýzy určili na základe očakávanej heterozygozity (He, 0,477), pozorovanej heterozygozity (Ho, 0,675), Shanonovho indexu (I, 0,820) aj indexov fixáxie (FST, FIS, FIT). Hierarchická klastrová analýza pomocou UPGMA algortimu, štruktúrna analýza a PCoA analýza pre SSR markery rozdelili odrody pohánky v dendrograme do dvoch hlavných zhlukov podľa druhu. Analýza AMOVA preukázala, že v analyzovanom súbore prevláda genetická variabilita medzi jedincami. Proteóm zrna pohánky bol analyzovaný pomocou SDS-PAGE a 2-DE. V analyzovaných odrodách pohánky siatej a tatárskej boli identifikované tri hmotnostné bielkovinové skupiny. Pre odrodu pohánky siatej Kora bolo pomocou 2-DE identifikovaných 92 bielkovinových škvŕn s molekulovou hmotnosťou od 7,72 do 68,71 kDa. Pre odrodu pohánky tatárskej Liagiao-3 bolo 2-DE identifikovaných 122 bielkovinových škvŕn s molekulovou hmotnosťou od 7,21 do 76,96 kDa. Kombináciou DNA techník (RAPD, SCoT, SSR) bol zostrojený spoločný dendrogram, kde sa odrody pohánky siatej a pohánky tatárskej sa oddelili do dvoch klastrov podľa druhu. Najvyššie hodnoty MI (13,916) a DDI (3,975), ktoré charakterizujú DNA techniky podľa schopnosti detegovať polymorfizmus a diferencovať genotypy, boli stanovené pre SCoT techniku. Odroda pohánky siatej Rana 60 sa na základe všetkých použitých techník priradila k odrodám pohánky tatárskej alebo sa samostatne oddelila od odrôd pohánky siatej, teda odporúčame prehodnotiť jej zaradenie k pohánke siatej. Zvolené techniky v práci sa preukázali ako vhodný nástroj na určenie genetickej variability na úrovni DNA a bielkovín. Author’s abstract: Buckwheat is a pseudocereal with nutritional and antioxidant potential. The aim of this dissertation thesis was to analyse genetic variability of 21 genotypes of common buckwheat (Fagopyrum esculentum Moench.) and 14 genotypes of tartary buckwheat (Fagopyrum tataricum Gaertn.) using three types of DNA markers (RAPD, SCoT, SSR) and proteomic analyses (SDS-PAGE, 2-DE). Ten RAPD markers amplified an average 11.9 polymorphic fragments per primer. The average PIC value for the RAPD markers was 0.871. The dendrogram constructed using the UPGMA algorithm and PCoA analysis for RAPD markers divided buckwheat genotypes into two major clusters. Ten SCoT markers amplified an average 16.2 polymorphic fragments per primer. The PIC value reached an average value 0.859. Based on SCoT analyses, buckwheat genotypes were divided into two main clusters in the dendrogram using the UPGMA algorithm. Three clusters were identified by PCoA analysis. Using SSR markers, we evaluated the variability among species, but also variation within species and intravarietal variation. By using 21 SSR markers, an average of 11.6 alleles per locus were amplified and an average PIC value 0.711 was determined. We determined the heterozygous individuals and the variability in the population by SSR analysis based on expected heterozygosity (He, 0.477), observed heterozygosity (Ho, 0.675), Shanon's index (I, 0.820) as well as fixation indices (FST, FIS, FIT). Hierarchical cluster analysis using UPGMA algorithm, structure analysis and PCoA analysis for SSR markers divided the buckwheat genotypes into two main clusters by species in the dendrogram. AMOVA analysis showed that genetic variation among individuals is prevalent in the analysed set. The buckwheat seed proteome was analysed by SDS-PAGE and 2-DE. Three groups of proteins with different molecular weights were identified in the analysed common buckwheat genotypes and tartary buckwheat genotypes. For the common buckwheat genotype Kora, 92 protein spots were identified using 2-DE. For the tartary buckwheat genotype Liagiao-3, 122 protein spots were identified by 2-DE. By a combination of DNA techniques (RAPD, SCoT, SSR), a common dendrogram was constructed, common buckwheat and tartary buckwheat genotypes were separated into two clusters according to the species. The highest values of MI (13.916) and DDI (3.975), which characterize DNA techniques according to their ability to detect polymorphisms and differentiate genotypes, were determined for the SCoT technique. Based on all the techniques used, genotype Rana 60 has been classified as a tartary buckwheat genotype or has been separated from the common buckwheat genotypes, so we recommend reconsidering its classification as a common buckwheat. The techniques chosen in this work proved to be a suitable tool for the determination of genetic variability at the DNA and protein level. Krajina Slovensko Jazyk dok. slovenčina URL http://opac.crzp.sk/openURL?crzpSigla=spunitra&crzpID=52073 Počet ex. 1, z toho voľných 0, prezenčne 1 Báza dát Kvalifikačné práce 
kniha
Signatúra Dislokácia Umiestnenie Voľné VP-98708 Štúrova - záverečné práce len prezenčne
Počet záznamov: 1